基础医学部（医学检验系）的前身是医学院的基础医学部和医学检验系。2021年改称基础医学部（医学检验系）。现设6个基层教学组织：人体解剖与组织胚胎学、生理学、药理学、病原微生物学和医学生物学；3个实验中心：医学形态学实验中心、医学机能学实验中心和分子医学技能实验中心；1个市级重点实验室。
基础医学部（医学检验系）师资力量逐渐壮大，现有专任教师38人，其中教授8人，副教授12人，具有博士学位的教师25人。浙江省高等学校本科教学指导委员会2人，浙江省高校中青年学科带头人培养对象2人、台州市500精英2名、台州市211人才工程培养人员5人、台州市高层次人才特殊支持计划1人、台州市学术带头人3名。博士学历成员占比68%，具有海外留学经历人员占比26%。
基础医学部（医学检验系）现有医学检验技术专业本科在校学生240余人。医学检验技术专业为四年制本科，培养具备医学检验技术基本知识、基本理论和基本技能的应用型人才。毕业生能够胜任医疗卫生机构临床检验实验室的工作，能够满足医学检验相关行业的基本人才要求，能够适应我国医药卫生事业和社会现代化发展需要的高素质应用型、复合型人才，能在医疗卫生机构、第三方检验中心、IVD企业等行业部门从事医学检验、卫生检验和实验室质量管理等工作。
基础医学部（医学检验系）承担临床医学、护理学、助产学、康复医学、医学检验技术和药学+等专业的基础医学课程教学，以及医学检验技术专业的专业课教学（与附属医院检验科协作完成）。每年完成1000余名学生的20余门必修课、10余门选修课的教学任务，现有省级一流课程4门，省级高等学校实验教学示范中心1个，获台州市先进教师3人。指导学生获全国大学生基础医学竞赛一等奖1项、二等奖1项和三等奖5项；获全国大学生生命科学竞赛一等奖3项、二等奖3项、三等奖3项；校教学杰出奖获得者1名，校教学优秀奖获得者3名，多位教师主编或参编国家级和省级规划教材。
基础医学部（医学检验系）依托浙江省重点学科、省实验示范中心和市重点实验室等平台，经过多年努力，逐渐形成类分湿关节炎、抗肿瘤药物研发、末梢神经损伤、免疫药理、表观遗传调控等多个研究方向。近年来，基础医学部（医学检验系）承担国家“863”重大项目子课题、国家自然科学基金、浙江省自然科学基金和教育部产学协作项目多项。教师在Clin Cancer Res, Oncogene, Biochem Pharmacol，J Biol Chem等经典期刊发表发表多篇论文。
基础医学部（医学检验系）十分重视校际和国际间的交流与合作，不断提高自身整体办学水平。已与浙江大学、温州医科大学、河北北方学院医学院等十余国内高水平或同类高校保持合作。并与美国德州大学MD癌症研究中心、德州大学健康科学中心和加拿大阿尔伯塔大学等知名医学院校和科研机构开展了项目合作研究、人员交流、合作举办国际会议等多种形式的合作交流。
基础医学部（医学检验系）将坚持“地方性、应用性”的办学定位，不断提高办学层次和拓宽专业领域，服务高等医学教育，并为台州市医学研究提供基础公共平台。
